A fianco della Basilica sorgeva nel passato, fino al 1800, il Convento agostiniano con il chiostro piccolo e il chiostro grande, con volte, colonne, affreschi dal limpido stile rinascimentale. Di tutto ciò non è rimasto quasi nulla.
Al centro del Cortile c’è la prima pietra del Centro Culturale Agostiniano Benedetto XVI, che il Sommo Pontefice stesso ha benedetto il 22 Aprile 2007. Qui verrà costruito il nuovo chiostro aperto ai visitatori e che permetterà a tutti di ammirare il tiburio esterno della Basilica e non lontano la torre del Petrarca del castello Visconteo.